樺太庁(からふとちょう、樺太廳、ロシア語: Префектура Карафуто)は、日本の領有下において樺太を管轄した地方行政官庁・行政区画(都道府県)である。この場合、樺太とは樺太島のうち、日露戦争のポーツマス条約により日本へと編入された北緯50度以南の地域(いわゆる南樺太)及び海馬島などその付属島嶼を指す。 本項では行政組織としての樺太庁だけでなく、日本統治下の南樺太とその後についても記述する。