殺菌（さっきん、英: sterilization）とは、病原性や有害性を有する糸状菌、細菌などの微生物を殺し減少させる操作のことである。滅菌と異なるのは具体的な程度は定義されておらず、滅菌のような完全な効果は保証されていない。電磁波、温度、圧力、薬理作用などを用いて細菌などの組織を破壊するか、生存が不可能な環境を生成することで行われる。すべての種類の菌を殺さなくても、生物に悪影響を及ぼす細菌などの微生物が減少すれば殺菌とみなされる。主に病原体の除去（感染症の予防）、食品の保持などが目的で実行される。対象とする細菌などによっては効果が期待できない方法もある。人体や有益な生物への障害、高熱や腐食による装置の破損、食品の風味の変質などを引き起こすことがあるため、対象の細菌などの微生物に合わせて適切な方法を選択することが重要である。低温殺菌法のパスチャライゼーション（英語名: pasteurization）はルイ・パスツールからきている。
