芽胞（がほう、spore）とは、一部の細菌が形づくる、極めて耐久性の高い細胞構造。胞子膜、皮層、芯部からなり、胞子膜の外側に外皮を持つものもある。芯部には、DNA、リボソーム、酵素、低分子化合物などが含まれており、半結晶状態になっている。以前は、（細菌の）胞子（ほうし、spore）、（ないせいほうし、endospore）とも呼ばれていたが、真菌やシダ植物の胞子とは役割が異なるため、それらと区別するために、芽胞という名称で呼ばれるようになった。 芽胞を作る細菌は限られており、有芽胞菌あるいはとして、細菌を分類する上での指標の一つにされている。有芽胞菌の中には、バシラス属、クロストリジウム属、などが存在する。このうち、バシラス属とクロストリジウム属が、病原性や微生物の有効利用などの面から、ヒトに対する関わりが深く、代表的な有芽胞菌として取り上げられることが多い。 生き残った芽胞が、再びその細菌の増殖に適した環境に置かれる、または、ヒート・ショックのような熱等のストレス条件下にさらされると、芽胞は発芽して、通常の増殖・代謝能を有する菌体が作られる。この通常の菌体を芽胞と対比して、、と呼ぶことがある。
