雑菌（ざっきん、Germ）とは、日常生活や生物学研究、産業としての発酵（醸造/発酵食品生産の場）などの場において、人間の意図に反して増殖した微生物（特に有害な細菌や菌類）の総称である。これらは通常、環境に普遍的に存在する微生物に由来するため、これらの環境微生物のことを指す一般的な名称として用いられる場合もあり、この場合はウイルス（ビールス、ヴァイラス）や細菌、菌類全般を意味する黴菌（ばいきん）とほぼ同義に用いられる。
