微生物（びせいぶつ、英: microorganismあるいはmicrobe）は、ヒトの肉眼ではその存在が判別できず、顕微鏡などを用いることで観察できる大きさの生物を指す。全ての単細胞生物が微生物として扱われるほか、一部の多細胞生物も微生物の範疇に入る（シアノバクテリアなど）。 地球上の生物は細菌、古細菌、真核生物の3つのドメインのいずれかに分類される。細菌および古細菌はほとんどが単細胞生物であり、そして多細胞性を示す種も含めて全てが微生物である。真核生物も大部分は単細胞性（すなわち微生物）であり、微生物でないのは、植物界、動物界、そしてストラメノパイルの系統群に属するごく限られた大型の多細胞生物だけである。 微生物を研究する学問分野を微生物学と言う。 微生物は人類の生活や人類が暮らす自然環境の維持に、直接的・間接的に古来深い関わりを持っている。一部の微生物がヒトに対して病原体として作用したり、食物を腐敗させるたりする半面で、有用な働きもしている。発酵食品、抗生物質を含む医薬品原料やバイオ燃料といった有用物質の製造、下水処理、土壌改善、抗生物質、光合成細菌による地球の大気への酸素供給などが挙げられる。
