About: 蛋白質構造データバンク

蛋白質構造データバンク（たんぱくしつこうぞうデータバンク，PDB: Protein Data Bank）は，蛋白質（タンパク質），核酸，糖鎖など生体高分子の3次元構造の原子座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共のデータベースである。PDBに蓄積されている構造データは，結晶解析法，核磁気共鳴法（NMR法），クライオ電子顕微鏡法の3つの検証可能な手法によって実験的に決定されたデータである。なお，理論的な予測（蛋白質構造予測）で推定されたデータは蓄積していない。 世界中の構造生物学者が決定した構造情報は，論文発表前にPDBに登録することが義務付けられており，論文発表と同時にPDBへ登録済みの構造データが一般公開される仕組みになっている。PDBの運営は日米欧の各拠点機関が国際的に協力することで成り立っており，南北アメリカとオセアニア地区で解析されたデータは米国で，欧州とアフリカ地区からのデータは欧州で，アジア・中東地区で解析されたデータは日本でデータ登録処理が行われる。日本の拠点活動は，大阪大学蛋白質研究所のProtein Data Bank Japan（PDBj）が担当している。PDBに登録されたデータは，事前に日米欧の各拠点間でデータ交換され，パブリックドメインのもとで完全に同一なデータとして一般公開される。