構造バイオインフォマティクス(こうぞうバイオインフォマティクス、英: Structural bioinformatics)は、タンパク質など生体高分子の三次元構造を分析または予想するバイオインフォマティクスの一分野。この用語に見られる構造という表現は構造生物学のそれと同義であり、構造バイオインフォマティクスを計算構造生物学と看做すことも可能である。