日本在来馬（にほんざいらいば）は、日本の、すなわち、洋種馬等の外来の馬種とほとんど交雑することなく残ってきた日本固有の馬、及び、その馬種の総称である。 日本では単に在来馬と言うことも多く、また、和種馬、在来和種（馬）とも呼ばれる。また、その馬種を日本在来種・日本在来馬種、その馬を日本在来種馬と言うこともある。 現存のものは8品種に分かれるが、その多くは個体数がたいへん少なく、絶滅が危ぶまれている。また、南部馬、三河馬等、中･大型日本在来馬の多くは近代化の過程で絶滅した。（日本）の1つである。
