神仏分離（しんぶつぶんり）は、神仏習合の弊害を緩和し、神道と仏教、神と仏、神社と寺院とをはっきり区別させること。 その動きは早くは中世から見られるが、一般には江戸時代中・後期以後の儒家神道や国学・復古神道の発展によって、当時の国民負担の軽減策になったもの。明治新政府により出された神仏判然令（慶応4年3月13日から明治元年10月18日までに出された、太政官布告・神祇官事務局達・太政官達など一連の通達の総称）に基づき、全国的に公的に行われたものともなる。
