菌 （きん） とは、元来、キノコを意味した。なお、漢字「菌」の訓は「きのこ」である。 近代には「菌類」、つまりキノコに似ていると考えられた生物の雑多なグループを指すようになった。この意味での「菌」は、学名の「‐mycota」「‐mycetes」など （ギリシア語で「キノコ」） の訳語であることが多い。 菌類には、互いに類縁関係の乏しい多くの系統が含まれる。その中で代表的なのはキノコ・カビ・酵母などを含む真菌で、菌・菌類という言葉で真菌を指すこともある。たとえば、「菌界」は真菌の分類群である。 さらに、後になって発見された微小な生物であるBacteria（バクテリア）にも「細菌」という単語が当てられた。一般に耳にする○○菌（結核菌や乳酸菌など）のほとんどは細菌に属する。菌という漢字が使われているが、狭義の菌類ではない。 また、1990年になってBacteriaから切り離されたArchaea（アーキア）にも「古細菌」という単語が当てられている。これも菌や細菌という漢字が使われているが、狭義の菌類でも細菌でもない。
