酪酸菌（らくさんきん、英: butyrate-producing bacteria）は、酪酸を産生する細菌をいう。長寿や免疫との関連、最近では新型コロナとの関連が注目され、プロバイオティクス及びプレバイオティクスのターゲットとして注目される。酪酸菌優位な腸内環境はパイエル板での調節性T細胞(Treg)の分化を促進し、全身の免疫機能を調節する。また健康長寿の老人は酪酸菌が優位であるという報告もある。また酪酸菌優位な人は新型コロナの重症化しにくいという。代表的な細菌としてクロストリジウム・ブチリカム（Clostridium butyricum Prazmowski 1880）が掲げられる。動物の腸内にはもともと存在する菌である。
