正院（せいいん）は、1871年（明治4年）の廃藩置県後に発布された、太政官職制の最高機関である。 1871年9月13日（明治4年7月29日）それまでの太政官を正院、左院、右院の三つに分け、左右両院の上に立つ。政務を執る正院は従来の太政官に相当し、太政大臣、納言、参議、枢密正権大少史、正権大少史等で構成される。その後、1873年に改正され、その権限はさらに強まり、天皇輔弼の責任が明確にされた。1875年に左右両院が廃止されたが、正院は引き続き存置される。1877年1月18日廃止。 正院にはまた、監部課、式部局、舎人局、雅楽局の三局が配属されたが、翌1872年（明治5年）には、舎人・雅楽局は廃止され式部局とともに式部寮に統合された。
