特定疾患治療研究事業（とくていしっかんちりょうけんきゅうじぎょう）とは、昭和48年4月17日付け衛発第242号公衆衛生局長通知「特定疾患治療研究事業について」に基づき、いわゆる難病のうち特定の疾患について医療の確立、普及を図るとともに、患者の医療費の負担軽減を図ることを目的とする事業であった。実施主体は都道府県。2015年1月1日からは「難病の患者に対する医療等に関する法律」（難病法）に基づき、難病医療費助成制度（特定医療費助成制度）に移行した（一部の例外を除く）。
