山科本願寺（やましなほんがんじ）は、京都市山科区にあった浄土真宗の寺院。本願寺第8世法主蓮如により、文明15年8月22日（1483年9月23日）に完成・建立。 周囲には堀と土塁を築いて、寺内町を形成していた。天文元年8月24日（1532年9月23日）、六角氏と法華宗徒により焼き討ちされた。 現在、跡地には浄土真宗本願寺派と真宗大谷派の山科別院（西別院ととある）が建っており、南殿跡が大谷派の光照寺に、土塁跡が山科中央公園にある。南殿跡と土塁跡は2002年、国の史跡に指定されている。
