DNA結合タンパク質とはDNA結合ドメインを有するタンパク質である。従って、一本鎖または二本鎖DNAに対して特異的または非特異的な親和性を有する 。配列特異的DNA結合タンパク質は一般に、塩基対を識別する官能基が比較的多いB-DNAの主溝と相互作用する。一方で、ネトロプシン 、ジスタマイシン、ヘキスト33258 、 ペンタミジン 、 DAPIなどのDNA副溝結合リガンドもいくつか知られている。
