ヌクレアーゼ（英: nuclease）は、核酸のヌクレオチド間のホスホジエステル結合を切断することができる酵素である。古くはヌクレオデポリメラーゼ（英: nucleodepolymerase）またはポリヌクレオチダーゼ（英: polynucleotidase）とも呼ばれた。ヌクレアーゼは、標的分子のおよび二本鎖をさまざまな様式で切断する。ヌクレアーゼは、生体内におけるDNA修復に関わる多くの側面で不可欠な機構である。ある種のヌクレアーゼの欠陥は、遺伝的不安定性や免疫不全を引き起こす可能性がある。また、ヌクレアーゼは、にも広く用いられている。 ヌクレアーゼは、その活性座位によって2種類に大別される。エキソヌクレアーゼ (en:英語版) は、核酸を末端から消化する。エンドヌクレアーゼ (en:英語版) は、標的分子の途中にある領域に作用する。これらはさらに、デオキシリボヌクレアーゼとリボヌクレアーゼに分類できる。前者はDNAに作用し、後者はRNAに作用する。
