遺伝子ターゲティング（いでんしターゲティング、ジーンターゲティング、gene targeting；また相同組換えによる塩基置換戦略）は、内在性の遺伝子の改変に相同組換えを用いる遺伝子工学的手法である。この方法は遺伝子の削除、エキソンの除去、遺伝子の導入、点変異の導入などに用いることができる。遺伝子ターゲティングの効果には恒久的なものと、限定的なものとがあり得る。限定的な効果とは、標的となる生物の特定の成長段階や生涯の中の特定時期、また特定の組織における効果などを指す。遺伝子ターゲティングでは対象となる遺伝子に応じて個別にベクターを作成する必要がある一方で、転写活性や遺伝子サイズに関わらずどんな遺伝子にも応用可能である。
