Cre-loxP部位特異的組換えは、1981年にバクテリオファージP1の研究で見出された反応である。loxPという特定のDNA配列を標的としており、DNA組換え酵素Creにより触媒される。1987年デュポン社(当時)のBrian Sauerが真核生物での応用法を開発したのを端緒に、現在では条件的遺伝子ノックアウトを実施する目的などで広く使われる技術となっている。