抗原虫薬（英: Antiprotozoal agent ATCコード：P01）とは原虫感染症の治療に使用される薬剤の総称である。 原生動物は互いに共通点が少なく（例えば、アモルフェア（ユニコント）真核生物である赤痢アメーバ（Entamoeba histolytica）とアモルフェア系統に属するホモ・サピエンスとは、バイコンタ真核生物であるNaegleria fowleriよりも近縁である）、ある病原体に有効な薬剤が別の病原体に有効であるとは限らない。 抗原虫薬は、機構別、生物別に分類される。 最近の論文では、原生動物による感染症治療にウイルスを使用する事も提案されている。
