地方独立行政法人佐世保市総合医療センター（ちほうどくりつぎょうせいほうじんさせぼしそうごういりょうせんたー）は、長崎県佐世保市平瀬町にある医療機関。地方独立行政法人が開設する病院である。市内では単に「総合病院」といえば当院を指した呼び方であることが多い。 佐世保市のみならず長崎県北部において基幹的役割を担っている拠点病院であり、いずれも市内では唯一の感染症病床・結核病床を擁している。 2016年（平成28年）4月1日より佐世保市立総合病院から経営形態を変更し、地方独立行政法人へ移行。
