第二種感染症指定医療機関（だいにしゅかんせんしょうしていいりょうきかん）とは、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律で定められた二類感染症（急性灰白髄炎（ポリオ）、結核、ジフテリア、重症急性呼吸器症候群（SARS）、中東呼吸器症候群（MERS）、鳥インフルエンザ等）の患者に対する日本の医療機関。都道府県知事が指定する。 2021年10月1日現在、日本全国に計351医療機関（計1,766床）ある。結核病床（稼働病床）を有するのは166医療機関（計3,017床）。
