人吉機関区（ひとよしきかんく）は、かつて熊本県人吉市にあった日本国有鉄道の車両基地（機関区）である。 人吉駅に隣接して設置され、肥薩線・湯前線（現くま川鉄道湯前線）で運用される機関車・気動車が配置されていた。 旧人吉機関区構内は現在も「SL人吉」等の肥薩線で運用される車両の留置線があるほか、くま川鉄道の車庫も置かれている。旧機関区の石造機関庫が現存しており、経済産業省より「近代化産業遺産」のひとつに認定されている。（後述）
