エマニュエル・シャルパンティエ(Emmanuelle Marie Charpentier, 1968年12月11日 - )は、フランス出身の生物学者。エソンヌ県生まれ。ウメオ大学教授。感染症研究ヘルムホルツセンター研究員。ジェニファー・ダウドナと共にゲノム編集技術「CRISPR-cas9(クリスパー・キャスナイン)」を開発し、2020年ノーベル化学賞受賞。