二次代謝産物（にじたいしゃさんぶつ、二次代謝物、英: secondary metabolite）は、生物の細胞成長、発生、生殖には直接的には関与していない有機化合物である。一次代謝産物とは異なり、二次代謝産物の欠如は、即時の死に至らないが、生物の生存や繁殖力、美しさにおいて長期間の障害を与えるか、あるいは顕著な変化は全くないこともある。二次代謝産物は、しばしば狭い範囲の系統学的グループに属する種に制限される。二次代謝産物は植物の感染防御やその他の種間の防御に重要な役割を果たしている場合が多い。
