駐中華民国日本大使(ちゅうちゅうかみんこくにほんたいし)は、日本政府が派遣し中華民国に駐在した特命全権大使である。1935年以前の駐華公使についても取り上げる。1972年の日中国交正常化以降の在中国大使については駐中華人民共和国日本大使を、同年の日華国交断絶以降の財団法人交流協会、公益財団法人日本台湾交流協会の人員については当該記事を参照。