長崎運輸支局（ながさきうんゆしきょく）は国土交通省九州運輸局の地方支分部局の一つで、45都道府県にある運輸支局のひとつ。 海事部門を担当する本庁舎と、陸運部門を担当する東長崎庁舎がある。佐世保市に出先機関である佐世保自動車検査登録事務所（陸運部門、「佐世保ナンバーを交付）・佐世保海事事務所（海事部門）を置くほか、陸運部門については離島での利便性を確保するため厳原自動車検査登録事務所が設けられている（東長崎庁舎および厳原自動車検査登録事務所のいずれも「長崎」ナンバーを交付）。
