水圏生態系(すいけんせいたいけい)とは、水域にある生態系のことで、水界生態系とも呼ばれる。水圏生態系の中では、生物の群集がお互いに、また環境にも依存して生活している。水圏生態系には大きく分けて「海洋生態系」と「淡水生態系」がある。