日本とマレーシアの関係（にほんとマレーシアのかんけい、マレー語: Hubungan Malaysia - Jepun、英語: Japan–Malaysia relations）では、日本とマレーシアの二国間外交関係について解説する。 両国関係の歴史で最も古いものは15世紀のマラッカ王国と琉球王国間の交易関係である。これは大日本帝国の台頭とその後のイギリス領マラヤへの侵攻と占領の20世紀に至るまで良好なままだった。日本はマレーシアの首都クアラルンプールに大使館を設置し、マレーシアは日本の東京都渋谷区に大使館を設置している。
