株式会社大垣書店(おおがきしょてん)は、京都府京都市北区に本社を置き、書店事業及び出版事業を展開する日本の企業。 1942年7月に会社を設立・創業。主に雑誌や総合的な書籍などを取り扱い近畿地方を中心に店舗を展開し、特に京都府では存在をよく知られる。