合同教会（ごうどうきょうかい、英語: United and uniting churches）とは、キリスト教の二つ以上のプロテスタント教派の合同によって設立される教会。世界中に多様な成立経緯をもつ様々な形態のものが存在する。日本においては、第二次世界大戦時に制定された宗教団体法と当局の圧力により成立した日本基督教団がある。 なお、東方教会（正教会・東方諸教会）の一部分派がローマ教皇の権威を認めてカトリック教会に組み入れられて東方典礼カトリック教会が設立される事を「教会の合同」と表現するなど、プロテスタント以外の教派の合同についても「教会の合同」の表現をする事例はあるが、「合同教会」（英語で"United and uniting churches"）の語彙を（特に教会組織を指すものとして）用いるのはプロテスタントでの場合にほぼ限定される。
