代替酸化酵素(だいたいさんかこうそ、alternative oxidase (AOX)、オルタナティブオキシダーゼ)は、様々な真核生物においてミトコンドリア電子伝達系を構成する酵素の1つである。そのホモログは原核生物のゲノム中にも見出されている。 代替酸化酵素は呼吸毒であるシアン化物に対して耐性であることから見出された。