ヴェルナー・アーバー（Werner Arber, 1929年6月3日 - ）は、スイスの微生物学者、遺伝学者。1978年、制限酵素の発見の業績により、アメリカ合衆国の微生物学者のハミルトン・スミス、ダニエル・ネイサンズと共に、ノーベル生理学・医学賞を受賞した。制限酵素の発見は組み換えDNAの技術に発展を齎した。
