プロファージ（英: prophage）とは、細菌のに挿入されて組み込まれるか、または染色体外のプラスミドとして存在する、バクテリオファージ（細菌に感染するウイルス）のゲノムである。プロファージは潜在型のバクテリオファージであり、ウイルスの遺伝子は細菌細胞を破壊することなく細菌内に存在する。通常バクテリオファージが感染すると程なくして溶菌（細菌の崩壊）が起こるのに対して、バクテリオファージがプロファージでいて誘発（induction）が起こるまでの間、細菌は生きている。
