メチルマロニルCoA（Methylmalonyl-CoA）は、メチオニンの代謝中間体の一つ。補酵素Aにメチルマロン酸が結合した形をしている。 プロピオニルCoAカルボキシラーゼ（EC 6.4.1.3）によってプロピオニルCoAから形成する。 補因子としてビタミンB12を必要とするメチルマロニルCoAムターゼ（EC 5.4.99.2）の酵素反応によってスクシニルCoAに変換される。この経路はクエン酸回路に入る補充反応の一つである。
