ヘテロクロマチン(heterochromatin)はほとんどの場合（ただし常にではない）、細胞周期の間も常に凝縮されたクロマチンの形状、または種類のことをいう。転写されず、濃い色が観察される。セントロメアとテロメア周辺によく見つかり、主に短い配列の繰り返し構造。構造ヘテロクロマチン（Constitutive Heterochromatin）には高頻度から中頻度の繰り返し配列が含まれ、テロメアやセントロメア周辺に存在する。また、条件的ヘテロクロマチン（Facultative Heterochtomarin）は完全な染色体になる能力をもつ。例）バー小体（不活性化されたX染色体）ではほぼ全領域がヘテロクロマチン構造をとる。
