異物や病原体と一口にいっても様々である。そのため、パターン認識受容体にも、様々な種類が存在する。 おおまかに、異物の分子構造の種類ごとに、受容体の種類も分かれる。 例として、細胞の炭水化物（リポ多糖やマンナンなど）を認識するもの（レクチン）、核酸を認識するもの（例えばトル様受容体 TLR）、細菌のペプチドを認識するもの、などがある。 上述のような異物の種類の違いのことを病原体由来分子パターン(PAMP, pathogen-associated molecular patterns)という。
