自然免疫系（しぜんめんえきけい、innate immune system）または非特異的免疫系（ひとくいてきめんえきけい、nonspecific immune system）は、脊椎動物における2つの主要な免疫戦略の1つである（もう1つは獲得免疫系）。自然免疫系は、比較的古い進化を遂げた防御戦略であり、植物、菌類、昆虫、および原始的な多細胞生物に見られる支配的な免疫系反応である。 自然免疫系の主な機能は以下の通りである。 * サイトカインと呼ばれるケミカルメディエーターを含む化学的因子を産生することにより、感染部位に免疫細胞を呼び込む * 補体カスケードを活性化して細菌を識別し、細胞を活性化し、や死細胞の除去を促進する * 臓器、組織、血液、リンパなどに存在する異物を、特殊な白血球によって識別、除去する * 抗原提示により獲得免疫系を活性化する * 第一次の物理的バリア（既に宿主に侵入した病原体から神経系を保護する血液脳関門などの第二次の物理的・化学的バリアと混同してはならない）を突破した挫傷などの傷害後に放出される皮膚などの物理的手段や血液中の凝固因子などの化学的手段を介して、感染物質に対する物理的・化学的バリアとして機能する
