シナプス小胞（シナプスしょうほう、英: synaptic vesicle, neurotransmitter vesicle）は、神経細胞のシナプスで放出されるさまざまな神経伝達物質を貯蔵する。放出は電位依存性カルシウムチャネルによって調節されている。小胞は神経細胞間で活動電位を伝播する際に必要不可欠であり、細胞で常に再形成されている。軸索中でさまざまな小胞が保持されている領域は（axon terminal、terminal bouton）である。10分間、0.2 Hzの刺激によって1つの軸索終末当たり最大130個の小胞が放出される。ヒトの脳の視覚野では、シナプス小胞の直径は 39.5 ± 5.1 nmである。
