アンボイナ事件(アンボイナじけん、英語: Amboyna massacre)とは、1623年にオランダ領東インド(現インドネシア)モルッカ諸島アンボイナ島にあるイギリス東インド会社商館をオランダが襲い、商館員を全員殺害した事件である。アンボン事件、アンボイナの虐殺とも称される。 この事件により、イングランドの香辛料貿易は頓挫し、オランダが同島の権益を独占した。東南アジアから撤退したイングランドは、インドへ矛先を向けることとなった。