2016年のFIMスーパーストック1000カップは、F.I.M.が主催するの第18回目のシーズン。スーパーバイク世界選手権のヨーロッパラウンドにおけるサポートシリーズとして、1000ccのマシンを使用し、16歳から28歳のライダーで争われる。シリーズは全8戦から成り、4月3日のアラゴンで開幕し、10月16日のヘレスで閉幕した。