短鎖脂肪酸（たんさしぼうさん、英: SCFA、Short-chain fatty acid）は炭素数6未満の脂肪酸（fatty acid）で、C1ギ酸、C2酢酸、C3プロピオン酸、C4イソ酪酸、C4酪酸（ブタン酸）、C5イソ吉草酸、C5吉草酸（ペンタン酸）、C52-メチル酪酸を指す。炭素数4以上では構造異性体を生じるため、同じ炭素数で複数の脂肪酸が存在する。炭素数6のカプロン酸なども短鎖脂肪酸に含める場合がある。一方、炭素数1のギ酸は含めない場合もある。
