自衛隊長崎地方協力本部（じえいたいながさきちほうきょうりょくほんぶ、Nagasaki Provincial Cooperation Office）は、長崎県長崎市出島町2-25防衛省合同庁舎2階に所在する、自衛隊地方協力本部のひとつ。陸・海・空自衛隊共同の機関だが、通常は陸上自衛隊の西部方面総監の指揮監督下にある。管轄する地域における防衛省・自衛隊の総合窓口として長崎県管内で活動する。
