複合タンパク質(ふくごうたんぱくしつ、英語: conjugated protein)は、タンパク質の分類の一つで、加水分解によりアミノ酸以外にも他の化合物を生成するタンパク質のことである。ムチン、ヘモグロビン、カゼインなどがそれに該当する。