第一種感染症指定医療機関（だいいっしゅかんせんしょうしていいりょうきかん）とは、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律で定められた一類感染症（エボラ出血熱、天然痘、ペスト等）、および二類感染症（結核、SARS、MERS等）の患者に対する日本の医療機関。都道府県知事が指定する。 日本全国に計56医療機関（計112床）ある。
