第36回日本ラグビーフットボール選手権大会は、1999年2月14日から2月28日まで秩父宮ラグビー場及び近鉄花園ラグビー場及び国立霞ヶ丘競技場陸上競技場で行われた日本ラグビーフットボール選手権大会である。