清水 藤太郎（しみず とうたろう、（1886年（明治19年）3月30日 - 1976年（昭和51年）3月1日））は、日本の薬学者・薬剤師。薬学博士。帝国女子医学薬学専門学校教授を経て、東邦大学薬学部教授（のち名誉教授）。神奈川県薬剤師会会長、中央薬事審議会委員、正倉院薬物調査員などを歴任。を朝比奈泰彦らとともに設立。国際薬史学会アカデミー会員。日本薬学会名誉会員。 日本および各国の薬局方に精通し、薬学ラテン語、和漢薬、薬剤学、薬史学など多岐にわたる専門書を著した他、漢方医に師事し、薬剤師の立場から漢方復興にも尽力した。 作家の北林透馬は義理の弟にあたる。
