母系制(ぼけいせい、英: matriliny)とは、動物において、母方の血筋によって家族や血縁集団を組織する社会制度である。シャチ等に見られる。対義語には父系制がある。類似する言葉に母権制(ぼけんせい、英: matriarchy)がある。