日本脳炎ウイルス（Japanese encephalitis virus）は、フラビウイルス科フラビウイルス属に属する一本鎖プラス鎖RNAウイルスである。日本脳炎の病原体として知られる。日本脳炎ウイルスは、ブタが増幅動物となり、日本付近ではコガタアカイエカが媒介する。熱帯地域では、コガタアカイエカ以外の蚊も媒介する。
