日本シーボルト協会(にほんシーボルトきょうかい)は、江戸時代後期に来日したフィリップ・フランツ・フォン・シーボルト、その子アレクサンダー・フォン・シーボルト、ハインリヒ・フォン・シーボルト、楠本いねを始めとするシーボルト関係研究の継承、発展を目的にハインリッヒ子孫のを中心に設立された任意団体。