日本のアダルトアニメ一覧 (2000年代)では、日本におけるアニメ商業作品においてアダルトアニメとされている作品の2000年から2009年にかけての一覧を年代順に記載。 * 記載の凡例については日本のアダルトアニメ一覧#凡例を参照